后斯诺登时代，中情局系统被黑客入侵， 多项特工计划可能泄露。与此同时，中情局还发现了伯恩和好搭档尼基·帕森斯的踪迹。年轻的网络专家海瑟·李自告奋勇追踪伯恩，而伯恩也在寻找着关于自己身世的惊天黑幕。中情局高官杜威是知晓一切幕后秘密的人，他、海瑟·李和伯恩之间的角力让故事充满悬念，不到最后一刻，就无法了解真正的结局。

杰森·伯恩事件引起连锁反应，踏脚石计划以及CIA用药物控制强化特工的行径通过报纸公之于众，令其幕后人物坐立不安。为了阻止满盘皆输的局面出现，CIA高层决定中止该计划，并将相关特工人员以及科学家从行动中抹杀。